1990 год: модернизированы 250-кубовая модель (получившая индекс «FZR250R») и 400-кубовая («FZR 400RR»). Эти машины получили новые карбюраторы. На «четырехсотке» измененная рама позволила уменьшить базу до 1465 мм и снизить массу до 160 кг. Внешне модернизированные машины легко отличить по двум маленьким фарам, заключенным в черную «маску».

Модель «FZR600» получила четырехпоршневые скобы передних тормозов взамен неэффективных двухпоршневых. На «FZR1000R» введена регулировка предварительного под- жатия пружин передней вилки.

1991 год: новые обтекатели для моделей «FZR600» и «FZR1000R» с одной прямоугольной фарой вместо двух круглых. На «шести- сотке» новые радиальные шины: 110/60-17 спереди и 140/60-18 сзади. «Литр» получил переднюю вилку перевернутого типа с полным набором регулировок. На 5 мм подросли базы: до 1425 MMy«FZR600» (сухая масса 181 кг) и до 1470 мм у «FZR1000R» (214 кг).

1994 год: модель «FZR600R» пришла на смену «FZR600». Новый двигатель (62x49,6 мм, 599 куб. см, 100 л. с. при 11500 об/мин) в по-прежнему стальном «Дельтабоксе». Размер задней шины изменен на 160/60-17. База мотоцикла 1415 мм, сухая масса 184 кг. На «FZR1000R» передняя вилка «Каяба» заменена на «Олинз», передние тормоза получили шестипоршневые скобы. И «шестисотка», и «литр» щеголяют новыми двойными раскосыми фарами.

1995 год: передняя вилка у «FZR600R» получила регулировки гидравлического усилия сжатия и отбоя.

1996 год: семейство «YZF-R» (600-кубовый «Thunder Cat» и 1000-кубовый «Thunder Асе») пришло на смену «FZR».