В 1994 г. для соответствия западным стандартам по уровню выброса в атмосферу вредных веществ двигатель объемом 1499 см3 был оборудован системой впрыска топлива, первоначально производства GM, затем российской. Машины с инжекторными двигателями сначала поставлялись только на экспорт, но с 2001 г. стали доступны и российским покупателям. Выпуск автомобилей с карбюраторными двигателями в 2004 г. был окончательно прекращен.

В 1997 г. отказались от двигателей объемом 1099 см3 и 1288 см3, однако в том же году стали предлагаться двухроторные моторы ВАЗ-415 мощностью 135-140 л. с. 30 сентября 2003 г. с конвейера завода в Тольятти сошел последний ВАЗ-2108. Это была модификация 21083 Lux с противотуманными фарами, тонированными стеклами и подголовниками на передних и задних сиденьях. Получавшие последние ВАЗ-2108 ретейлеры подняли цену на эту ставшую редкой, но все еще популярную модель. Всего было выпущено около 900 тысяч ВАЗ-2108. 31 марта 2004 г. компанией был остановлен выпуск ВАЗ-2109, а три месяца спустя, 30 июня, та же участь постигла ВАЗ-21099 — таким образом, производственную линию в Тольятти покинули все первоначальные «Самары». Однако в том же году к сборке моделей 2109 и 21099 приступил Запорожский автозавод, а в мае 2007 г. — компания «Азия-Авто» в Казахстане. В обоих случаях использовались машинокомплекты, поставлявшиеся ВАЗом. За 14 лет было изготовлено 952 418 ВАЗ-2109. Среди них встречались и довольно редкие праворульные автомобили. Сейчас чтобы их продать требуется время, ведь ценителей таких машин совсем немного. Чтобы ускорить процесс, стоит обратиться в компанию M7m7. Здесь выкуп праворульных автомобилей осуществляется на выгодных условиях. Вам необходимо всего лишь заполнить заявку, дождаться эксперта для оценки и получить свои деньги.

Независимыми компаниями было выпущено несколько специальных серий «Самары». В числе наиболее примечательных — ВАЗ-210834 и ВАЗ-210934 «Тарзан» фирмы «Лада-Консул» — гибриды механической части «Нивы» и кузова «Самары». В самой России в 1999 г. преимущественно для участия в автоспортивных соревнованиях был подготовлен раллийный ВАЗ-21083-37 с 16-клапанным двигателем объемом 1499 см3.

Появившемуся в 2002 г. 5-дверному хэтчбеку ВАЗ-2114 пришлось довольствоваться задней дверью и задними фонарями модели 2109, хотя были разработаны прототипы, на которых эти детали были новыми. В 2002 г. этот автомобиль стал 21-миллионной «Ладой».